1. Військовий прокурор Південного регіону України

2. Перший заступник військового  прокурора Південного регіону України

3. Заступник військового прокурора Південного регіону України

5. Управління представництва інтересів громадянина або держави в суді, протидії корупції у воєнній сфері

5.1. Відділ представництва інтересів громадянина або держави, протидії корупції у військовій сфері

5.2. Відділ організації представництва інтересів громадянина або держави в суді та при виконанні судових рішень

6. Слідче управління

6.1. Відділ нагляду за додержанням законів у кримінальному провадженні та при проведенні оперативно-розшукової діяльності

6.2. Слідчий відділ

7. Управління процесуального керівництва досудовим розслідуванням та підтримання державного обвинувачення у кримінальних провадженнях

7.1. Відділ процесуального керівництва досудовим розслідуванням  у кримінальних провадженнях

7.2. Відділ організації участі прокурорів у суді та нагляду за виконанням судових рішень у кримінальних провадженнях

8.  Відділ статистики, ведення Єдиного реєстру досудових розслідувань

10. Відділ  роботи з кадрами

13. Відділ матеріально-технічного забезпечення та соціально-побутових потреб